御寺泉涌寺の別院。山号は瑠璃山。雲龍院は応安五年(一三七二)後光厳天皇の御建立にして、後、同所に後円融天皇、康応元年(一三八九)龍華殿を御建立せられ、御宸翰を下して妙法写経を始められる。両帝は屡々行幸になり開山竹厳聖皐上人に聞法受戒せらる。晏駕に先立ちて剃髪染衣せられ、上人の引導を受けて背後の山に埋葬し奉ったのである。
開山上人は応永九年(一四〇二)に入寂され、応永十二年の盂蘭盆会の夜には早くも諸堂を焼失したが、二十年後には後小松天皇の行幸により、応永三十六年の頃には全安上人再建を見事に遂げている。 次いで称光天皇の崩御、後に御父後小松天皇の崩御、共に当院の聖汎上人、全安上人の奉仕によりて先代と同所に埋葬申し上げている。間もなく応仁の兵乱となり、文明二年(一四七〇)には全山焦土と化し、僅かに後光厳、後円融天皇の御尊像を残すのみとなった。併し文明十四年、後花園天皇の十三回の御国忌を雲龍院に於いて奉修し得たことは復興の事を偲ばせる。
明応八年(一四九九)後円融天皇の御影を土佐光信に画がかして勅賛を御土御門天皇にお願い申し上げ、之が今日重要文化財として保存されている。翌年、後土御門天皇崩御遊ばされ、泉涌寺に御葬送申し上げる、その御使用の御黒戸御殿は文亀二年、後柏原天皇より下賜され妙法修殿と称し写経の道場とせられたのである。戦国時代より桃山時代を経て、徳川の始め中興の祖、如周宗師が雲龍、龍華両院を合併して雲龍院のみとす、この事が御水尾天皇の叡聞に達し造営費御下賜の恩命に浴し写経の道場を現在の位置に再建せられる。たまたま寛永十九年が本願、後円融天皇二百五十回の御忌に相当するを以て御水尾天皇より写経会に要する仏具百余点の御寄付を賜りて立派に再興を遂げた。
如周和尚以後、徳川泰平の御代本願天皇の後国忌の折々に御下賜金を賜りて諸堂の修理を行い、この間鎮守堂、鐘楼等の建立がなされ東西に僧坊を設けて諸方より各宗の門徒集まり、研鑽を励み多くの俊英を輩出した。皇室との御縁故は天保十四年以降光格天皇の皇妃を始め、仁孝天皇両皇女、孝明天皇の両皇女を後山に葬り奉ってより再び深くなり玄関、方丈、勅使門を賜り次いで歴代の御尊牌を奉安する霊明殿は慶応二年に始まり、孝明天皇、明治天皇、英照皇太后の思し召しにより明治二年現存の様に再建された。